Le long combat d’un patient de Boston de 45 ans contre le coronavirus est devenu mondialement connu. Il a été infecté à l’été 2020. Dans son cas, au Covid-19 s’ajoute une maladie appelée syndrome des antiphospholipides, dans laquelle le système immunitaire attaque son propre corps. Pour éviter cela, le patient prenait depuis de nombreuses années des médicaments qui affaiblissaient le système immunitaire. Après trois jours de frissons, de nausées, de maux de tête et de fièvre persistante, il s’est rendu à l’hôpital, où il a été testé positif au coronavirus et a été traité avec le médicament antiviral remdesivir. Après cinq jours, il a été remis en quarantaine à domicile.
Deux mois plus tard, l’homme était de retour à l’hôpital. Il souffrait d’essoufflement et de nausées, et le test PCR s’est révélé à nouveau positif. Il a reçu à nouveau du remdesivir, cette fois pour dix jours, et est rentré chez lui trois semaines plus tard. 14 jours plus tard, il s’est retrouvé à nouveau à l’hôpital. Il était à nouveau positif et avait du mal à respirer. Ni un cocktail d’anticorps ni une nouvelle dose de remdesivir n’ont pu l’empêcher de se rendre aux soins intensifs. Il y mourut sept jours plus tard d’une grave pneumonie.
Le docteur Bina Choi et ses collègues du Brigham and Women’s Hospital de Boston ont documenté de manière très détaillée les antécédents médicaux de leur patiente sur cinq mois. Et ils ont examiné le virus de chacun de ses prélèvements nasaux à la recherche de mutations. Le résultat : le virus avait considérablement modifié sa constitution génétique. Il a produit douze mutations dans la protéine Spike, la partie qu’il utilise pour pénétrer dans les cellules humaines. La longue période de circulation dans le corps du patient avait déclenché une chaîne d’évolution environ deux fois plus rapide qu’un virus qui change d’une personne à l’autre.
En décembre 2020, Bina Choi en a apporté la preuve pour la première fois : de nouveaux variants peuvent apparaître chez un seul patient immunodéprimé – et à un rythme rapide. A cette époque, Beta venait de s’introduire en Grande-Bretagne. Les virologues supposent désormais que la variante provenait d’un patient similaire à celui de Boston.
Mais Omicron est différent. La variante actuellement dominante comporte 50 mutations, dont 30 dans la protéine Spike. C’est environ deux fois plus que les Alpha, Beta, Gamma ou Delta produits. Omicron a également développé trois sous-variantes, dont BA.2 prend désormais la tête dans de nombreuses régions. Ce phénomène est également en hausse en Autriche.
D’où vient ce variant très développé, qui s’est propagé à travers le monde entier en quelques semaines seulement ? Les virologues du monde entier se creusent actuellement la tête à ce sujet et proposent trois réponses possibles.
Source : Surveillance de la localisation des écoles par le BMBWF
1. L’hôte intermédiaire animal
Hyènes, hippopotames, lions, gorilles, tigres, loutres naines, hamsters : le SARS-CoV-2 n’est évidemment pas pointilleux lorsqu’il s’agit de choisir son hôte. Les animaux des zoos du monde entier ont été testés positifs à plusieurs reprises pour ce coronavirus, et la plupart ont assez bien survécu à leur infection. L’infection par les soignants ou les visiteurs est très probable. Il en va de même pour les épidémies survenues dans 400 élevages de visons à travers l’Europe, où le virus s’est ensuite propagé d’un animal à l’autre.
Mais les animaux sauvages ont également déjà attrapé le SRAS-CoV-2 : à la mi-janvier, des chercheurs indiens ont trouvé un léopard mort qui avait été infecté par la variante Delta (bien qu’il n’en soit pas mort, mais des suites de blessures causées par un autre prédateur).. Aux USA, le cerf de Virginie est sous stricte surveillance. Le virus s’est soudainement propagé dans des troupeaux sauvages de l’Iowa, de l’Illinois, du Michigan et de la Pennsylvanie – dans certains troupeaux, des anticorps ont été trouvés chez 60 pour cent des animaux.
Comme on le sait, l’omicron a été découvert en Afrique. Et si le virus circulait dans une espèce animale locale, évoluait et finissait par infecter un villageois, un chasseur ou un garde-chasse ? Ou s’il se propageait parmi les rats ou les souris, qui ont des contacts spatiaux beaucoup plus étroits avec les humains ? Au moins, les virologues ont découvert des mutations individuelles dans la variante omicron qu’ils avaient déjà découvertes chez des souris de laboratoire.
« Je pense que cette théorie est plutôt improbable », déclare Norbert Nowotny, virologue à l’Université de médecine vétérinaire de Vienne. Il serait inhabituel que le virus se propage à nouveau vers l’homme à partir d’une autre espèce animale. Même un seul saut est un événement très rare. De plus, une fois que le pathogène circule dans une espèce, il tente de s’y adapter. L’exemple des élevages de visons le montre très clairement, explique Nowotny : « Le virus est devenu plus virulent pour les visons, pas pour les humains. »
2. Omicron a volé sous le radar
L’analyse génétique montre qu’un précurseur d’Omicron était déjà en route à la mi-2020 – mais a rapidement disparu de la scène. Mais où la variante s’est-elle retirée et pourquoi n’est-elle jamais apparue dans un échantillon pendant 15 mois ? Les trois sous-variantes, qui diffèrent considérablement les unes des autres, se sont également probablement développées au cours de cette période, ce qui indique un développement indépendant plus long.
Ce n’est que le 11 novembre 2021 que le premier sous-type BA.1 d’Omicron a atterri dans le laboratoire de Sikhulile Moyo à Gaborone, la capitale du Botswana. « Nous avions soudainement devant nous quatre échantillons qui montraient des mutations que nous n’avions jamais vues auparavant », a déclaré plus tard le virologue Moyo à la chaîne de télévision Aljazeera. Il les a analysés plusieurs fois pour s’assurer qu’il n’y avait pas d’erreur de mesure. Mais toutes les données étaient correctes. Les prélèvements provenaient de quatre diplomates arrivés de l’étranger. La provenance exacte n’a pas été révélée. Le président du Botswana, Mokgweetsi Masisi, a déclaré à CNN qu’« au moins certains d’entre eux » se trouvaient « en Europe ». Quelques jours plus tard, des virologues d’Afrique du Sud et de Hong Kong ont également tiré la sonnette d’alarme : ils ont également trouvé le B.1.1.529, comme la variante a été initialement appelée.
La provenance des quatre diplomates reste incertaine. Cependant, il existe de nombreuses régions isolées du monde où les tests sont rares et encore moins le séquençage.
3. De nombreuses personnes immunodéprimées dans les régions éloignées
Selon Nowotny et de nombreux autres virologues, la troisième réponse est la plus probable. En Afrique australe, on estime que huit millions de personnes infectées par le VIH doivent survivre sans traitement médical. Semblable à la patiente de Bina Choi à l’hôpital de Boston, son système immunitaire est gravement affaibli. Vos cellules immunitaires attaquent le coronavirus, mais ne parviennent souvent pas à le vaincre pendant des mois. Cela signifie que l’agent pathogène reste dans le corps et traverse un camp d’entraînement à un rythme rapide.
Mais un seul patient suffit-il pour faire éclore un super variant comme Omicron ? «Il y en avait probablement plusieurs», précise Norbert Nowotny. Il soupçonne un nombre à un chiffre. Le virus est probablement entré dans la population par ces patients, où il circulait probablement inaperçu pendant un certain temps. Le faible nombre de tests et le nombre encore plus faible d’échantillons génétiquement examinés suggèrent une épidémie dans des régions reculées d’Afrique. Alors qu’en Europe, 3 % des prélèvements positifs sont analysés pour détecter de nouveaux variants, en Afrique, ce chiffre n’est que de 0,7 %. Conclusion : Concernant les nouveaux variants, non seulement la lutte contre le coronavirus dans les pays les plus pauvres est essentielle, mais aussi la lutte contre le VIH.
Omicron en Autriche : BA.2 en hausse
Le variant Omicron, très contagieux, domine depuis longtemps dans ce pays. Il a rapidement remplacé Delta, qui ne joue plus un rôle dans environ cinq pour cent de toutes les nouvelles infections. Depuis environ deux semaines, le premier sous-type BA.1 rivalise avec BA.2 pour la domination en Autriche – et ce dernier gagne régulièrement du terrain : « Dans certaines régions, BA.2 représente déjà dix pour cent des infections, dans pour d’autres, cela représente déjà 20″, explique le microbiologiste Heribert Insam de l’Université d’Innsbruck. En collaboration avec Rudolf Markt et une équipe autrichienne, il surveille la charge virale dans les stations d’épuration autrichiennes.
Par rapport à l’onde delta, qui s’est considérablement effondrée après son pic fin novembre, Omicron stagne actuellement à un niveau relativement élevé. La raison : BA.2 est plus contagieux et échappe encore mieux à la réponse immunitaire de ceux qui ont été vaccinés et de ceux qui ont récupéré que BA.1. C’est pourquoi il va bientôt s’implanter dans ce pays et maintenir son nombre. BA.3, la troisième sous-variante, est apparue pour la première fois en Europe en novembre 2021, mais n’a jusqu’à présent joué qu’un rôle dans les infections de l’ordre de pour mille. Il n’y a actuellement aucune autre variante en vue dans les eaux usées autrichiennes, explique le microbiologiste Heribert Insam.
Faut-il désormais craindre une deuxième vague omicron ? « Il est plus probable que la vague actuelle dure une à quelques semaines de plus », explique le virologue Nowotny. Il pourrait également y avoir une nouvelle augmentation à court terme des nouvelles infections causées par BA.2.
Quelles variantes nous ont frappé jusqu’à présent
Alpha (B.1.1.7), apparu pour la première fois en Grande-Bretagne en septembre 2020, se transmettait plus facilement d’une personne à l’autre et remplaçait donc rapidement le type sauvage de Wuhan dans de nombreuses régions. Elle a dominé la pandémie en Europe au printemps 2021.
Beta (B.1.351) circulait en Afrique du Sud depuis décembre 2020, mais ne jouait pratiquement aucun rôle en Autriche.
Des chercheurs ont découvert du gamma (P.1) au Brésil en novembre 2020, et cette variante n’est arrivée en Autriche que dans des cas isolés.
Delta (B.1.617.2), en revanche, a fait une carrière mondiale. Séquencé pour la première fois en Inde en octobre 2020, le variant a provoqué une gigantesque vague avec de nombreux décès sur le sous-continent en avril et mai 2021. Ensuite, Delta s’est répandu en Europe, où il a pris le contrôle de la pandémie en juillet 2021 – et a été jusqu’à présent responsable de la plus grande charge sur les unités de soins intensifs en Autriche au cours de la moitié d’hiver de l’année.
Omicron (B.1.1.529) a été découvert au Botswana le 11 novembre et a déplacé Delta dans le monde entier en quelques semaines. Initialement, la sous-variante BA.1 prédominait ; depuis janvier, BA.2 domine au Danemark et se propage progressivement dans le reste de l’Europe. BA.3 n’a pas joué de rôle jusqu’à présent.
