Terre Sacrée : Des bactéries rares découvertes dans une tombe

Texte et photos : Fabian Federl

Quand je mourrai, l’argile qui me recouvre guérira tout ce que j’ai pu guérir quand j’étais parmi vous. » Ce furent les dernières paroles du prêtre catholique et guérisseur James McGirr lorsqu’il mourut dans un petit village d’Irlande du Nord en 1815 . Des lignes prometteuses qui n’ont pas manqué d’avoir un impact auprès des croyants. 200 ans plus tard, des dizaines de milliers de personnes ont tenu dans leurs mains la terre de la tombe de James McGirr, l’ont frottée entre leurs doigts, l’ont étalée sous leurs oreillers et l’ont conservée dans des amulettes. À tel point que le gardien du cimetière du village de Boho a placé une pancarte devant la tombe de McGirr demandant que si la terre avait été empruntée, s’il vous plaît, rapportez-la.

Il existe de nombreux lieux de pèlerinage comme celui-ci, et la plupart du temps les miracles promis sont de pure légende. Ce n’est pas le cas de la tombe de James McGirr : cette terre guérit vraiment.

Le microbiologiste Gerry Quinn l’a découvert par hasard il y a cinq ans : le voisin de laboratoire de Quinn à l’université de Swansea au Pays de Galles recherchait des Streptomyces. Ces bactéries comptent parmi les découvertes médicales les plus importantes du XXe siècle. Ils produisent des principes actifs contre les virus et les vers et sont considérés comme une arme potentielle contre le cancer et la maladie d’Alzheimer. Ils constituent surtout une source importante pour la production d’antibiotiques. Près de 60 pour cent des préparations disponibles aujourd’hui proviennent de Streptomyces. Le groupe de recherche dirigé par Luciana Terra, collègue de Quinn, a recherché dans le monde entier ces rares bactéries du sol et les a trouvées dans le désert de Gobi, dans les steppes du Xinjiang, dans les lacs salés de Bolivie, dans les glaciers de Colombie-Britannique et sur les rives d’un lac de Sibérie. . Lorsque Quinn a parlé d’une maison de vacances à Boho, ses collègues lui ont demandé d’apporter un échantillon de sol.

Quinn ramassait de la terre non loin du cimetière de Boho. Il les testa en laboratoire et trouva : Streptomyces. Au total, 20 pour cent des colonies produisaient des substances antibiotiques – un à trois pour cent étant normalement attendu. Lors de sa prochaine visite, Quinn a rencontré sa tante pour prendre un café. Elle lui raconta l’histoire du pasteur McGirr.
Lors de sa rencontre avec Profil à l’Université d’Ulster, le biologiste Quinn étale des boîtes de Pétri devant lui.

Il ouvre un bol et demande à le sentir. L’odeur des vieilles chaussettes se répand. Sur le bol est écrit « SARM », Staphylococcus aureus multirésistant, la bactérie qui provoque principalement des abcès, mais aussi des méningites et des pneumonies. Il s’agit de l’agent pathogène multirésistant le plus redouté dans les hôpitaux du monde entier. La canette suivante dégage un parfum de mousse fraîche, de pluie printanière, de tourbe et de terre. «Streptomyces», dit Quinn. Directement de la tombe du pasteur McGirr.

Dans ses bols, Quinn laisse les bactéries du sol des tombes et les antibiotiques conventionnels lutter contre le SARM et d’autres germes. Cela devient vite évident : les agents pathogènes tenaces ont envahi la pénicilline, l’amoxicilline et les autres antibiotiques pharmaceutiques. Un film transparent, un bouclier protecteur, s’est seulement formé autour des Streptomyces. Les Streptomyces du sol de la tombe du pasteur McGirr peuvent vaincre les six germes multirésistants les plus courants. « Tout ce que nous savons, c’est que cela fonctionne », déclare Quinn. « Nous ne savons pas quelle substance est responsable, si elle est toxique ou si elle a des effets secondaires. » Il emballe les boîtes de Pétri dans un sac en plastique. « Mais tout ce qui tue le SARM est une découverte. »

Au milieu des tombes du cimetière de Boho se trouve une dalle de pierre encastrée dans le sol. Au-dessus se trouve un caillou sur lequel quelqu’un a écrit « Espérance », un crucifix, une amulette de saint Christophe, patron des voyageurs. En tête de l’assiette se trouvent 23 cuillères laissées par les pèlerins. Devant elle se trouve un trou dans le sol récemment creusé. Depuis que la découverte de Quinn a été rapportée dans les médias britanniques, 50 pèlerins sont venus ici en semaine et 200 le week-end.

Les antibiotiques sont connus depuis l’Antiquité. Les Nubiens et les Égyptiens utilisaient déjà des moisissures antibactériennes pour traiter les infections des plaies ou les abcès. Le pas décisif a été la découverte du médecin écossais Alexander Fleming, qui cultivait Staphylococcus aureus dans une boîte de Pétri, ne nettoyait pas correctement son matériel et partait en vacances. À son retour, il a découvert qu’un champignon qu’il appelait pénicilline avait tué ses bactéries. Fleming est devenu une star, a remporté le prix Nobel de médecine en 1945 et la pénicilline est devenue le premier antibiotique commercialisé dans le monde.

Cependant, la pénicilline n’agit pas contre les bactéries dites à Gram négatif, des germes plus difficiles à combattre et plus mortels. E. coli est à Gram négatif, tout comme l’agent pathogène responsable du choléra. En octobre 1943, le chercheur russo-américain Selman Waksman et son doctorant Albert Schatz découvrent enfin les propriétés antibiotiques des Streptomyces. Ils ont développé la streptomycine, le premier antibiotique efficace contre le choléra, la tuberculose et la dysenterie, trois des maladies les plus mortelles de l’histoire de la civilisation.

Mais chaque progrès a été suivi de revers. Peu de temps après l’utilisation de la pénicilline, Fleming a observé que certaines bactéries développaient une résistance. La même chose s’est produite après avoir utilisé de l’ampicilline, le deuxième antibiotique. Fleming a mis en garde contre les bactéries multirésistantes. Il préconise d’utiliser les antibiotiques avec prudence, de développer des alternatives et d’alterner les principes actifs afin de toujours avoir une longueur d’avance sur les résistances.

De nouveaux antibiotiques ont été développés jusque dans les années 1980, mais pratiquement plus depuis. Selon le Centre américain de recherche sur la santé Pew

88 pour cent de toutes les prescriptions concernent 19 antibiotiques, et aucune d’entre elles n’est basée sur une découverte récente. Cela signifie quatre décennies au cours desquelles les agents pathogènes ont pu développer une résistance. Selon l’Organisation mondiale de la santé, la résistance à E. coli est si répandue dans certaines régions que seule une personne sur deux répond aux antibiotiques. L’OMS dénombre chaque année 700 000 décès dus à des germes multirésistants et estime que ce nombre atteindra dix millions par an d’ici 2050.

L’urgence du problème peut être démontrée à l’aide de l’exemple de l’antibiotique colistine. Il a été développé dans les années 1950 mais a été retiré du marché peu de temps après car il était nocif pour les reins. Il est efficace contre Acinetobacter baumannii, un germe multirésistant responsable de méningites et de pneumonies. Le germe a développé une telle résistance ces dernières années que la colistine doit être réutilisée. En raison du manque d’alternatives, les médecins administrent désormais un médicament obsolète et toxique pour les reins – et même cela ne fonctionne pas toujours.

La société pharmaceutique Roche est l’une des rares au monde à rechercher encore activement de nouveaux antibiotiques. La plupart des fabricants ont abandonné parce que cela n’en valait pas la peine. Développer un nouvel agent coûte des milliards et ne devient rentable qu’au bout de 23 ans en moyenne. «Les antibiotiques sont généralement administrés pendant une courte période et ne coûtent souvent que le prix d’un paquet de chewing-gum», explique Christian Pawlu, responsable de la stratégie de Sandoz, filiale de Novartis, premier fabricant mondial d’antibiotiques génériques. Roche et Novartis ont désormais fondé un projet de développement avec d’autres sociétés pharmaceutiques dans lequel les coûts et l’expertise sont partagés. «Si nous ne combattons pas la résistance le plus rapidement possible, nous risquons de faire reculer la médecine dans le monde», déclare Wolfgang Jessner, chef du département de développement de médicaments contre les maladies infectieuses chez Roche. L’objectif est de développer deux à quatre nouveaux antibiotiques d’ici 2030.

De Boho, nous traversons la frontière irlandaise jusqu’au « Holy Well », comme l’appellent les locaux. Un arbre noueux se penche au-dessus de la « source sacrée » et est décoré de tissus, de photos, de rubans et de chapelets. Quinn descend jusqu’à la source, passe ses doigts sur l’arbre, fouille dans les tissus. Il sent un chiffon pour nettoyer les lunettes, sort ses ciseaux et en coupe un morceau. Il fait de même avec un portrait de la Vierge Marie et une chaussette.

Un « arbre à chiffons », dit Quinn, est une tradition irlandaise. Un lieu pour ceux qui recherchent la guérison, comme la tombe du pasteur McGirr. Le biologiste met les échantillons dans son sac à dos et récupère une partie de la boue du lit de la rivière. Il soupçonne qu’il existe de fortes concentrations de Streptomyces, ainsi que de nombreuses substances antibiotiques. Les malades sont venus ici pour une bonne raison, soupçonne Quinn. Certains exemples issus de la médecine populaire locale ont déjà été associés aux Streptomyces. Les chercheurs ont découvert la bactérie dans des plantes médicinales au Brésil, en Jordanie, en Russie et au Chili. Le parfum de la forêt moussue les trahit. C’est pourquoi Quinn renifle les morceaux de tissu.

Fondamentalement, les Streptomyces sont présents presque partout, bien que sous des types et des concentrations différents. Le sol de la région de Fermanagh, en Irlande du Nord, est alcalin, humide et pauvre en nutriments. Néanmoins, Quinn a trouvé plus de Streptomyces que dans la tombe du pasteur McGirr.
300 mètres plus loin dans un terroir agricole. Pour le chercheur, cela n’est que logique : « Les gens qui visitent ces lieux sacrés touchent le sol, creusent dedans, accrochent des linges ou se lavent à l’eau », explique-t-il. «Ils apportent avec eux de nouveaux agents pathogènes auxquels les Streptomyces locaux s’habituent et contre lesquels ils développent de nouveaux mécanismes de protection.» La médecine traditionnelle fonctionne parce que de nombreuses personnes l’utilisent.

Pendant longtemps, les chercheurs n’ont pas reconnu ce lien, même lorsqu’ils prélevaient des échantillons. Parce qu’en tant que microbiologiste, vous aviez l’habitude de créer les conditions idéales pour cultiver des bactéries. Quinn et ses collègues font désormais le contraire : « Si la bactérie se porte bien, pourquoi devrait-elle développer des mécanismes de protection ? Nous l’avons mis sous pression, l’avons laissé mourir de faim et gelé – et soudain, les résultats sont complètement différents. » La méthode de Quinn a fait sensation dans les cercles d’experts. Ce qui compte désormais, c’est la volonté des entreprises pharmaceutiques de lutter contre les bactéries du sol des tombes – même si la pandémie de Corona a temporairement relégué les chances de le faire au second plan.

Il existe des milliers de lieux de pèlerinage comme celui du Père McGirr, dans tous les pays, dans toutes les religions. Les lieux saints promettaient de l’aide à une époque où presque toutes les maladies pouvaient entraîner la mort. « Les légendes et la foi donnent aux gens le courage de vivre », déclare Quinn. « La médecine fait la même chose. »